1998年4月24日（以下时间均为北京时间），G1西部季后赛首轮，马刺队在场上以102-96险胜太阳队，迎来季后赛开门红。 在职业生涯首场季后赛中，邓肯出战37分钟，拿下32分、10个篮板和2次盖帽。
1999年6月26日，总决赛第5场，马刺队以78-77险胜尼克斯队，以总比分4-1战胜对手，夺得队史第一个总冠军。 全场比赛邓肯出战46分钟，得到31分9篮板。 性能相当不错。 5场总决赛，邓肯场均贡献27.4分、14个篮板和2.2次盖帽。 邓肯以23岁零61天的年龄成为继“魔术师”约翰逊之后最年轻的总决赛MVP。
2001年12月27日，马刺队在主场加时赛中以123-126不敌小牛队。 面对老对手诺维茨基，邓肯出战50分钟，28投19中拿下53分。 11个篮板、4次助攻和3次盖帽。 53分是邓肯职业生涯单场最高得分。
2002年4月21日，G1西部季后赛首轮，马刺队主场110-89击败超音速队，迎来季后赛开门红。 此役nba季后赛经典战役，邓肯出战38分钟，得到21分10篮板11助攻5盖帽，这是他季后赛生涯的首个三双。
2003年6月5日，总决赛G1，马刺队主场101-89战胜篮网队，迎来总决赛开门红。 邓肯在内线表现非常激进，拿下32分、20个篮板、6次助攻、3次抢断和7次盖帽。 这是他职业生涯唯一一次在总决赛中拿到至少30+20分。
2003年6月16日，总决赛G6，马刺队主场88-77战胜篮网队nba季后赛经典战役，以4-2战胜对手，夺得队史第二座总冠军。 本场比赛邓肯出战46分钟，19投9中得到21分20篮板10助攻8盖帽。 他几乎成为历史上第一个在总决赛中取得四双的人。 10次助攻和8次盖帽是邓肯季后赛生涯单场第二高数据。 在这个系列赛中，邓肯场均贡献惊人的5.3次盖帽。
2005年6月24日，总决赛第七场，马刺队主场81-74击败活塞队。 拿下决胜局后nba季后赛经典战役，邓肯如愿夺得了职业生涯的第三座总冠军奖杯。 在他职业生涯的第一场总决赛抢七中，邓肯拿下全场最高的25分并贡献11个篮板。 7场比赛，邓肯场均贡献20.6分14.1篮板2.1盖帽，职业生涯第三次也是最后一次获得总决赛MVP。
2006年5月23日，西部季后赛半决赛第七场，马刺队主场111-119不敌小牛队。 尽管邓肯在一场季后赛浴血奋战50分钟的比赛中拿下了职业生涯最高的41分，同时他还拿下15个篮板。 6助攻3盖帽，但马刺还是主场输球，遗憾止步次轮。
2008年4月20日，西部季后赛首轮第一场，马刺主场苦战，通过双加时以117-115险胜太阳，取得季后赛开门红。 在这个漫长的夜晚，邓肯在季后赛中打出了职业生涯最高的51分钟，拿下职业生涯最高的40分，并抢下15个篮板。 第一个加时赛还剩3秒时，邓肯投进三分扳平比分，给马刺队再次大战对手的机会。
2013年12月3日，马刺队主场102-100险胜老鹰队。 此役邓肯统治了油漆区，拿下23分和21个篮板。 37岁的他成为联盟历史上年龄最大的双20+得主。 比赛还剩0.4秒时，邓肯在罚球线附近跳投得手，为马刺队赢得了制胜一球。
