1999年至2001年的三个赛季99欧冠决赛进球时间，埃芬博格帮助拜仁连续获得联赛冠军三连冠，并夺得过一次欧冠冠军、一次亚军和一次四强。1999年的欧冠赛场上，埃芬博格贡献了4粒进球，包括小组赛中铲射战胜巴萨的进球，以及对阵凯泽斯劳滕和基辅迪纳摩的淘汰赛中的3粒进球，帮助拜仁杀入决赛。但在诺坎普的决赛之夜，拜仁在补时阶段输给了曼联，夺冠大业。这两个进球都是因为身为中场核心的埃芬博格处理球失误造成的，赛后他自然遭到了多方的批评，也正是因为这场决赛的失误99欧冠决赛进球时间，埃芬博格才名扬足坛。但平心而论，他在赛场上的表现并不算糟糕，以这种方式输掉决赛更多的是天意，并不是什么举世瞩目的罪孽。
其实早在1990-91赛季，埃芬博格就帮助拜仁夺得了联赛亚军、进入了欧冠四强，并入选了1991年欧洲金球奖。这对于年轻的埃芬博格来说已经非常不错了，只可惜当时正是德国足坛的天才爆发期，他并不能得到世界足坛的关注。第二个赛季，拜仁的表现下滑明显，仅位列联赛第10名，但埃芬博格的表现并未因此而褪色，他在联赛中贡献了10粒进球，并代表德国队参加了1992年的欧洲杯，最终夺得亚军并入选了这届欧洲杯最佳阵容。考虑到拜仁“大佬”太多，1992年马特乌斯重回拜仁，埃芬博格则转投佛罗伦萨。
1999-00赛季，教练任命埃芬博格替代早已失去位置的赫尔默，成为拜仁新任队长。埃芬博格在场上的位置逐渐转变为后卫核心，充分发挥其长传和视野的作用，这也激发了埃芬博格的最佳状态。然而欧冠半决赛，埃芬博格因伤缺席，拜仁状态不佳，客场0-2不敌皇马。回到主场，埃芬博格复出却无法力挽狂澜。2000-01赛季，32岁的埃芬博格状态相比上赛季的巅峰状态有所下滑，但拜仁针对其运动能力下滑的客观情况，在欧冠赛场上打出了防守反击+定位球突破的战术。对阵阿森纳、莫斯科斯巴达克、里昂、曼联、皇马、瓦伦西亚等强队，拜仁都有定位球进攻进球。 2001年5月23日，米兰的欧冠决赛，埃芬博格在下半场射入一粒点球扳平比分，并在点球大战中第五次出场射入点球。拜仁也凭借卡恩的完美发挥，在点球大战中5-4夺得冠军。作为冠军队长，埃芬博格为拜仁捧得第四座欧冠奖杯99欧冠决赛进球时间，并荣膺当赛季欧冠最佳球员称号。
作为拜仁历史上最狠、最独特的队长，埃芬博格做过很多让人震惊的事情，比如因在世界杯上对德国球迷竖中指而被驱逐出国家队、在回到国家队几周后宣布永远不再为国家队效力、在拜仁效力期间与队友的妻子发生性关系等。关于埃芬博格的争议事件，说不完。他因欧冠决赛的失误而名声大噪，也因一系列“糟心事”而未能很好地完成职业生涯。但不管怎样，作为世纪之交拜仁的核心中场和队长，埃芬博格在拜仁历史上的地位极高。在球场上，在比赛中，埃芬博格永远是最强势、最霸道、最有指挥力的球员。
